実質25%の負担でEC制作？小規模事業者持続化補助金×ネットショップ活用の全手法｜インボイス特例で最大250万円補助

小規模事業者持続化補助金を活用すれば、ネットショップ（ECサイト）の制作費・広告費を最大250万円補助してもらえます。Shopify・BASE・STORESなどのASPカートも対象。

本記事では補助対象経費・申請のポイント・採択率を上げる事業計画書の書き方まで、徹底的に解説します。

小規模事業者持続化補助金でネットショップ（ECサイト）制作は可能？

結論
ネットショップの制作・リニューアルは補助対象です。Shopify・BASE・STORESなどのASPカート利用料や、ロゴ・バナー制作費も含めることが可能です。ただし「ウェブサイト関連費」には補助金額の1/4という上限制限があります。

小規模事業者持続化補助金（以下「持続化補助金」）は、小規模事業者が販路開拓や業務効率化を図るための投資に対して、国が費用の一部を補助する制度です。ネットショップの開設・リニューアルは「販路開拓」に直結するため、補助対象として認められています。

Shopify・BASE・STORESなどASPカートも補助対象

自社でサーバーを用意してフルスクラッチで構築する必要はありません。月額費用が発生するShopifyや、無料から始められるBASE・STORESなど、ASP型のECカートサービスの利用料・初期設定費用も、補助対象経費として計上できます。補助事業期間中（通常は交付決定後〜事業終了日まで）に発生したサービス利用料が対象です。

【注意】最新ルール｜「ウェブサイト関連費」の1/4制限を必ず確認
ウェブサイトの制作・更新・コンテンツ制作などのウェブサイト関連費は、補助金額全体の1/4（25%）が上限です。残りの3/4は広告宣伝費・展示会出展費・チラシ制作費など他の経費に使う必要があります。

＜シミュレーション：ウェブサイト関連費の1/4制限＞
・補助金額（例）：100万円
・うちサイト制作に使える上限：25万円まで（100万円 × 1/4）
・残り75万円の使い道：SNS広告・リスティング広告・展示会出展・チラシ制作・商品撮影など

「実質25%の負担でECを制作できる」と言われる背景には、補助率2/3で受け取れる補助金のうち、サイト費用に充てられるのは1/4のみというルールがあります。裏を返せば「サイト以外の販路開拓費用と合わせて計画する」ことが採択のカギです。

この1/4制限は近年の公募要領改正で追加されたルールです。補助金だけでECサイトをフル制作しようと考えていた方は、計画の見直しが必要です。

ネットショップで活用する場合の補助金額・補助率

持続化補助金には複数の申請枠があり、事業者の状況によって受け取れる補助額が大きく異なります。ネットショップ開設を目的とする場合は特に、インボイス特例との組み合わせを検討してください。

【通常枠】
・補助上限：50万円
・補助率：2/3
・概要：最もスタンダードな枠。自己負担は費用総額の約1/3。

【賃金引上げ枠】
・補助上限：200万円
・補助率：2/3〜3/4（赤字事業者は3/4）
・概要：最低賃金引き上げ等を実施した事業者向け。

【後継者支援・卒業・創業枠】
・補助上限：200万円
・補助率：2/3
・概要：事業承継・独立・創業を機にEC展開を図る事業者に最適。

【特別枠＋インボイス特例（最大）】
・補助上限：250万円（特別枠200万円＋インボイス特例50万円上乗せ）
・補助率：2/3〜3/4
・概要：免税事業者からインボイス発行事業者に転換した場合、申請枠に関わらず一律50万円が上乗せされます。

個人事業主・フリーランス・これから開業する人も対象になる条件

持続化補助金は法人・個人事業主を問わず申請できます。個人事業主やフリーランスでも、商業・サービス業（宿泊・娯楽を除く）は従業員5人以下、製造業・その他は従業員20人以下という小規模事業者の要件を満たせば申請可能です。

また、産業競争力強化法に基づく「認定特定創業支援等事業者」から支援を受け事業を開始した事業者であれば、創業枠（上限200万円）への申請も可能です。これからECビジネスを立ち上げる方にも活用のチャンスがあります。

どっちがお得？持続化補助金 vs IT導入補助金の比較表

EC関連の補助金として、持続化補助金と並んでよく挙がるのが「IT導入補助金」です。それぞれ適した用途・フェーズが異なります。

【比較表】

比較項目	小規模事業者持続化補助金	デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入）
補助上限額	最大250万円 （通常枠50万/特別枠200万＋インボイス特例50万）	最大450万円 （インボイス枠350万/通常枠450万など）
補助率	2/3 〜 3/4 （赤字事業者の賃上げ時は3/4に引上げ）	1/2 〜 4/5 （小規模×インボイス枠50万以下なら4/5）
対象事業者	小規模事業者（個人事業主・フリーランス含む）	中小企業・小規模事業者（中堅規模まで幅広く）
EC制作費用	○ 対象 （ただし補助金総額の1/4までの制限あり）	○ 対象 （事務局に登録されたITツールのみ）
Web広告費	◎ 強み（SNS広告・リスティング等OK）	× 対象外
高機能システム	△ 弱み（あくまで販路開拓の範囲内）	◎ 強み（在庫連携・受発注AI等の高度なIT化）
チラシ・展示会	○ 対象（リアルな宣伝広告と併用可）	× 対象外
申請の進め方	商工会議所等の指導を受けつつ自社で作成	**IT導入支援事業者（制作会社等）**と共同で申請
ECサイトの自由度	自由（フルスクラッチや任意のASPでも可）	制約あり（登録済みのShopifyプラン等に限る）
両補助金の併用	同一経費への重複は不可。ただし「サイト制作はIT導入、広告宣伝は持続化」のように切り分ければ可能。

【選び方の目安】
「安くECを作って、広告も出したい・集客力を高めたい」→ 持続化補助金が有利。EC制作＋SNS広告・リスティング広告を一括で補助対象にできます。

「高機能なEC基幹システム・受発注管理ツールを導入したい」→ IT導入補助金が向いています。Shopify PlusやECの受発注システムなど、登録ITツールに対応した補助を受けられます。

ネットショップ申請で「補助対象」になる経費・ならない経費

補助金の申請で最もトラブルが多いのが「経費の区分ミス」です。採択後に「この経費は対象外でした」と指摘されると、補助金が大幅に減額されるケースもあります。事前に正確に把握しておきましょう。

【注意】「ウェブサイト関連費のみ」の申請は不採択リスク大
ウェブサイト関連費単独では補助対象経費として計上することができません。「補助対象経費の中にウェブサイト関連費が含まれている場合に、その上限が補助金額の1/4」というルールです。EC制作費だけの計画書は審査で低評価になりやすいため、広告・撮影・展示会など複合的な計画を立てることを強くお勧めします。

【採択率アップ】ネットショップ関連の事業計画書を書く3つのポイント

持続化補助金の採否は、提出する「事業計画書（様式2・3）」の内容でほぼ決まります。審査員が「この事業者は補助金を使って本当に販路を拡大できる」と判断できる内容が求められます。ECサイト開設を軸にした計画書のポイントを3つ解説します。

ポイント1｜「なぜ今、ECなのか」の市場分析を具体的に書く

「ECが流行っているから」では採択されません。自社の既存顧客層の購買行動分析、競合のEC参入状況、地域経済の変化（人口減少・観光客減少など）を根拠として示し、「今まさにECで販路を広げる必要がある」という必然性を証明してください。

特にShopifyを使った越境EC展開や、特定ニッチ市場へのリーチなど、競合との差別化ポイントを具体化することが重要です。

ポイント2｜IT×実店舗のシナジー効果を明記する

ECサイトを作って終わりではなく、「実店舗とネットの融合（OMO）」を意識した計画が高評価です。

例えば「Shopifyで在庫をリアルタイム共有し、実店舗の売り逃しをゼロにする」「ECでの購入者に実店舗クーポンを配布し、客単価を向上させる」など、ネットで売るだけでなく実店舗の運営効率化・集客増加につながる視点を盛り込むと、審査員の評価が上がります。

ポイント3｜具体的な数値目標（KPI）を逆算で設定する

「ECで売上を上げたい」は根拠のない願望です。「月間ページビュー数3,000 → CVR（購入率）2% → 月60件の受注 → 客単価4,500円 → 月商27万円、6ヶ月後に月商50万円を達成」のように、閲覧数・成約率・客単価から逆算した売上予測を記載してください。根拠のある数字が入ることで事業計画の信頼性が格段に上がります。

＜採択率を上げる追加テクニック＞
商工会・商工会議所の経営指導員との「事前相談」は必須です。単なる確認ではなく、計画書の内容へのフィードバックをもらうことで大幅にブラッシュアップできます。また、日本標準産業分類（JSIC）に基づく自社の業種区分を正確に記載することも採択率に影響します。

【失敗を防ぐ】ネットショップ制作を補助金で依頼する際の注意点

補助金の制度を知っていても、手続きの細かいルールを見落とすと補助金を受け取れなくなることがあります。特にEC制作会社への発注に絡む失敗例が多いため、必ず押さえてください。

失敗①｜採択前に制作会社と契約・着手してしまった

持続化補助金は「採択通知を受け取った後に発注・契約すること」が大原則です。「採択前着手届出」制度がない限り、採択前の契約・支払いはすべて補助対象外になります。「先に話だけ進めて…」は要注意。

失敗②｜実績報告書類の管理が不十分だった

事業終了後に提出する「実績報告」には、納品物の証明（納品書・完了報告書）と支払証明（銀行振込明細・領収書）の両方が必要です。現金払いは証明が困難なため、必ず銀行振込で支払いを行い、通帳の記録を保存してください。

失敗③｜事業計画書が「ただECを作るだけ」の内容だった

汎用性が高く、どの事業者でも当てはまるような計画書は不採択の典型パターンです。「自社ならではの強み」「なぜこのタイミングにECなのか」「補助後の持続的な発展シナリオ」がなければ審査で高評価を得られません。

失敗④｜最新の公募要領を確認しなかった

持続化補助金は年度ごとに公募回が設けられ、補助上限額・補助率・対象経費のルールが毎回更新されます。インターネット上の古い記事に書かれた情報をそのまま使うのは危険です。必ず申請する回の公募要領を最初から確認してください。

失敗⑤｜申請締切直前に商工会議所に駆け込んだ

各公募回の締切日の2〜3週間前には商工会議所・商工会への相談を完了し、「支援確認書（様式4）」の発行を受ける必要があります。締切間際は混雑するため、締切の1ヶ月前には相談開始するのが理想です。

補助金を活用したネットショップ成功事例（シミュレーション）

ここでは、持続化補助金を活用してネットショップを開設・拡大させた際のリアルなシミュレーション事例を2つご紹介します。いずれも実際に申請・採択された事例をベースに、数値を再構成したものです。

事例A｜地方の食品製造業：EC開設＋SNS広告で全国販売へ

事業者概要：従業員3名の地方農産物加工業（個人事業主）。地元道の駅のみで販売していたが、人口減少で売上が伸び悩んでいた。

活用枠：賃金引上げ枠＋インボイス特例
補助金額：約200万円（補助率2/3）

使途内訳：
・Shopifyショップ制作：50万円
・商品撮影・バナー制作：30万円
・Instagram広告費：80万円
・ギフト用パッケージデザイン：40万円

成果（6ヶ月後）：月商0円 → 月商45万円。都市部からの注文が8割を占め、リピーター率32%を達成。翌年は越境EC展開も視野に。

事例B｜アパレル実店舗：Shopifyで在庫共有しOMOを実現

事業者概要：従業員2名のセレクトショップ（法人）。実店舗のみで運営していたが、コロナ以降の客足減少が課題。在庫が実店舗のみに集中し、機会損失が多発していた。

活用枠：後継者支援枠（事業承継のタイミングで申請）
補助金額：約130万円

使途内訳：
・Shopifyサイト構築・デザイン：45万円
・商品スタイリング撮影：35万円
・Google/Meta広告費：50万円

成果：実店舗との在庫をShopify POSで一元管理し、機会損失をほぼ解消。EC経由の売上が実店舗売上の30%相当に成長。来店客のECへの誘導も奏功し、客単価が15%向上。

＜成功事例に共通するポイント＞
上記2事例に共通するのは「EC制作費だけで補助金を使い切らない」点です。広告費・撮影費・デザイン費と組み合わせることで1/4制限を遵守しつつ、開設後すぐに集客・販売できる体制を同時に整えています。補助金申請と事業戦略を一体で考えることが成功の秘訣です。

まとめ｜2026年のネットショップ開業は補助金活用がスタンダード

小規模事業者持続化補助金を活用したネットショップ開設は、今や中小・個人事業者にとってスタンダードな選択肢になっています。制度を正しく理解し、戦略的に使えば実質25〜33%程度の自己負担でECを開設し、広告・撮影費も含めた初期投資を一気に実施できます。

まずは自分が対象かチェック

・商業・サービス業（宿泊・娯楽除く）で従業員5人以下、または製造業その他で従業員20人以下
・確定申告を行っている（または開業予定で創業支援を受けている）
・補助事業（EC開設・広告展開など）を採択後に実施できる体制がある
・大企業の子会社ではなく、独立した小規模事業者である
・過去の同補助金受給回数が上限に達していない（通常2回まで）

「売れるショップ」を作るなら、補助金に詳しい制作会社を選ぼう

補助金申請はあくまでスタート地点です。採択後に質の高いECサイトを作り、確実に売上につなげるためには、補助金の手続き知識と高いEC制作スキルの両方を持つパートナーを選ぶことが重要です。

制作会社を選ぶ際は下記の点を必ず確認してください。
・補助金申請実績があるか
・事業計画書のサポートをしてくれるか
・補助事業期間内に確実に納品できるか
・実績報告に必要な書類を正確に用意できるか

【ご注意】
本記事の内容は執筆時点（2026年2月）の制度情報を基にしています。持続化補助金は公募回ごとに要件・補助上限・対象経費が変更になります。申請前には必ず最新の「公募要領」（商工会議所地区は日本商工会議所、商工会地区は全国商工会連合会のウェブサイト）をご確認ください。